Como personagem principal da série, Naruto normalmente tem um papel de destaque nos episódios. No início da história, Naruto se concentra em melhorar suas habilidades ninja e em alcançar seus próprios objetivos, enquanto os eventos principais ocorrem em outros locais. Após a invasão da Vila Oculta da Folha, Naruto tem contato com a Akatsuki, uma organização criminosa que tem como meta remover a Raposa de Nove Caudas de seu corpo. Mesmo depois que Jiraiya expulsa a gangue, as interações de Naruto com a Akatsuki se tornam um conflito central da história. Somente depois que Sasuke decide abandonar a Vila Oculta da Folha é que Naruto toma um papel de liderança no enredo, se juntando a um time ninja dedicado a impedir que Sasuke se alie às forças inimigas. Naruto e Sasuke posteriormente se enfrentam, mas não têm coragem de eliminar um ao outro. Os dois seguem seus próprios caminhos, mas Naruto não desiste de Sasuke e parte com Jiraiya em treinamento para se preparar para seu próximo encontro.
Após retornar do treinamento, Naruto passa a lidar mais diretamente com os ataques da Akatsuki. Ele consegue salvar Gaara e depois auxilia na queda de Kakuzu. Depois que descobre que Jiraiya foi morto por Pein, líder da Akatsuki, volta a treinar até conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e trazê-lo de volta. Ele e seu time conseguem localizá-lo, mas a rápida evolução de Sasuke o transforma em um oponente que o time não é capaz de enfrentar. Após descobrir que Sasuke se afiliou à Akatsuki e ter acesso à verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho.

                                                              Habilidades

Graças ao Bijuu que possui dentro de si, Naruto tem acesso a grandes reservas de chakra, uma forma de energia que permite que guerreiros ninja sejam capazes de realizar práticas sobrenaturais. Tal reserva adicional de chakra o deixa se valer de habilidades ninja que alguém de sua idade não seria capaz de usar normalmente. Porções do chakra da raposa se misturam constantemente com o de Naruto, mas ele também pode utilizar suas reservas quando se entrega ao ódio ou quando pede diretamente à raposa por seu poder. Quando o chakra da raposa é liberado, uma aura em forma de raposa envolve Naruto, com o número de caudas, variando de um a nove, respresentando o nível de liberação. A raposa também cura qualquer ferimento fatal (sendo que isso diminua sua vida) de naruto quando é liberada. Cada cauda aumenta drasticamente sua capacidade de luta, mas também o faz perder a racionalidade conforme mais caudas aparecem. Como o poder da raposa pode ameaçar a vida daqueles próximos a ele, Naruto procura limitar o uso de tal poder, mas eventualmente aprende a controlá-lo com a ajuda de sua mãe.

Naruto se vale de suas reservas adicionais de chakra durante a série. Sua habilidade de conjurar sapos para ajudá-lo em batalhas é dependente do chakra da raposa, pois só consegue conjurar sapos maiores com a ajuda dela. Ele também aprende o Senjutsu, uma habilidade que aumenta seu poder que deriva dos sapos e depende da energia da natureza.

Naruto utiliza o Rasengan, uma esfera concentrada de chakra criada por seu pai. Quando usa a técnica, Naruto cria clones de sombras para ajudá-lo a manipular o chakra da forma correta. Apesar do grande potencial destrutivo da técnica, Minato criou o Rasengan com a intenção de utilizá-lo para complementar seu chakra. Após intenso treino com seus clones, Naruto complementa o Rasengan ao seu chakra e cria o Rasenshuriken, que causa danos a nível celular mediante impacto, mas também fere Naruto. Após seu treinamento nas artes Eremitas, Naruto resolve esse problema e aprende a atirar o Rasenshuriken em seus oponentes. Agora ele dominou o chakra da kyuubi e quando o usa fica semelhante ao Rikudou Sennin. Neste modo, Naruto consegue uma velocidade incrível que se compara a de seu pai, Minato Namikaze e também consegue detectar maldade dentro das pessoas,assim conseguindo detectar ninjas por perto com "más intenções" . Porém, ainda não está acostumado com tal poder.